A.D.2009，在经历了和巨大异星人Zentraedi(ゼントラーディ)的那场近乎导致人类灭亡的星间戦嬴兰月目光略微凝了一下，扫过了一旁的蒙烈，蒙烈右臂上所包裹的绷带令她的芳心顿时不由自主的一紧。 她可是和司空菊雅一起出来的，司空菊雅无论美貌还是气质都丝毫不比她逊色，而她们两个人又都穿着样式相似的宫装，但拉娜瑟丝行礼的对象明显是她而不是司空菊雅，分明早已确认了她的身份。争之后，幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合，开始了以种族延续为目的的银河播种计划。 A.D.2059人类为寻求可居住的惑星，不断在银河系中探寻新天地。载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier(25番)，航行于银河系中心附近。与Frontier临近的21番移民船团Macross Galaxy上在住之现役偶像歌手Sheryl Nome为举行LIVE来到Frontier。Ranka Lee在去Live途中邂逅作为飞行员养成生的Alto，三人的不期而遇，彼此的命运从此相互牵系！而此时，Frontier遭遇不明敌人的强力攻击，移民船团上的人们又将何去何从？新的Macross物语即将展开！！！
